Dolina Dolnego Bugu i Ostoja Nadbużańska
Cześć obszaru Nadbużańskiego Parku Krajobrazowego została wytypowana do sieci NATURA 2000, co nadało mu europejską rangę wśród obszarów chronionych. Na terenie Parku i jego otuliny wytyczono Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO) o nazwie „Dolina Dolnego Bugu” oraz „Dolina Liwca”. Na terenach tych stwierdzono występowanie gatunków ptaków, wymienionych w załączniku I tzw. Dyrektywy Ptasiej. Utworzono także Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk (SOO), tzw. „Ostoję Nadbużańską”. Został on wyznaczony na podstawie Dyrektywy „Siedliskowej” dla siedlisk przyrodniczych wymienionych w załączniku I oraz gatunków zwierząt i roślin wymienionych w załączniku II Dyrektywy „Siedliskowej”.
Dolina Dolnego Bugu (PLB140001) obejmuje obszar 260 km rzeki i powierzchnię 74 309,90 ha. Połowa długości 120 km pokrywa się z terenem (16,5 %) NPK. Rozciąga się od rzeki Krzny do Jeziora Zegrzyńskiego. Większość doliny pokrywają suche, ekstensywnie użytkowane pastwiska. Koryto Bugu jest w większości niezmienione przez człowieka. Pozostały tu liczne piaszczyste wydmy. W mniejszym stopniu porośnięte wierzbowymi i topolowymi łęgami nadrzecznymi. Występują tu 22 gatunki ptaków z zał. I DP i 6 z PCK. Bardzo ważna ostoja ptaków wodno-błotnych. Nieliczne w Polsce stanowisko gadożera i kulona. W okresie lęgowym zasiedla go 1 % populacji krajowej: bączek, bocian czarny, brodziec piskliwy, cyranka, czajka, czapla siwa, krawodziób, bekas kszyk, kulik wielki, płaskonos, podóżniczek, rybitwa (rzeczna, czarna, białoczelna), rycyk, sieweczka (rzeczna, obrożna), zimorodek, kania czarna, derkacz, wodnik i samotnik. Zagrożeniem jest ochrona przeciwpowodziowa wymagająca udrożnienia koryta i swobodny spływ wód i kry.
Ostoja Nadbużańska (PLH140011) pokrywa się z Doliną Dolnego Bugu. Zajmuje obszar 46 036,70 ha i cechuje się występowaniem nadrzecznych lasów o naturalnym charakterze i wilgotnych zbiorowisk łąkowych. Jest to jeden z najważniejszych obszarów ochrony ichtiofauny w Polsce. Obejmuje 10 gatunków ryb z zał. II DR 92/43/EWG. Występują tu też stanowiska rzadkich gatunków roślin i bogata fauna bezkręgowców (pająków).
Wspólny obszar to 18,8 % NPK. W granicach tych obszarów znalazły się rezerwaty: Jegiel, Przekop, Dębniak, Kaliniak i nowo-utworzony Toczna wraz z otuliną.
