Ochrona gatunkowa ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk, gatunków rzadko występujących, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie umów międzynarodowych, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.
W celu ochrony ostoi i stanowisk roślin lub grzybów objętych ochroną gatunkową lub ostoi, miejsc rozrodu i regularnego przebywania zwierząt objętych ochroną gatunkową mogą być ustalane strefy ochrony.
Formą ochrony biernej jest rezerwat ścisły czy objęcie pewnych ekosystemów różnymi zakazami. Brak ingerencji człowieka daje możliwości roślinom, grzybom i zwierzętom samodzielnego egzystowania. W Nadbużańskim Parku Krajobrazowym jest takich 14 rezerwatów oraz strefy ochrony gniazd (bociana czarnego i ptaków drapieżnych). W młodnikach latem obowiązuje zakaz pozyskiwania drewna ze względu na okres wylęgu krogulców.
W rezerwatach można spotkać lilię złotogłów
Strefa ochrony gniazda bociana czarnego
Ochrona ścisła na narwiańskiej wyspie umożliwia gniazdowanie w spokoju 2 gatunków rybitwy (rzecznej i czarnej), mewy śmieszki i nurogęsi
Są jednak przypadki, gdy chronione rośliny w takich miejscach nie mogą porazić sobie z konkurencją innych drzew. Wówczas wtórnie giną lub z takich rezerwatów uciekają. W tej sytuacji człowiek znów rusza z pomocą przyrodzie i nazywamy to ochroną czynną. Na terenie NPK występuje kilka takich metod pomocy.
Na terenie Nadleśnictwa Sokołów w rezerwacie Sterdyń poprzez wycinanie drzew zasłaniających światło pracownicy Nadleśnictwa i RDOŚ pomagali roślinie o nazwie parzydło leśne. W rezerwacie Biele w ten sam sposób odsłonięto stanowiska pełnika europejskiego.
Wieszanie budek (schronów) dla nietoperzy przez pracowników NPK na terenie Nadleśnictwa Łochów i Sokołów umożliwi zwiększenie liczebności różnych gatunków tych ssaków. Monitoring pozwoli zdobyć informację na temat zróżnicownia ich gatunków na tym terenie.
Nadleśnictwo Łochów prowadzi program czynnej ochrony kuropatwy poprzez jej reintrodukcję czyli ponowne wypuszczanie do środowiska.
Planowane jest także przez NPK odtworzenie optymalnych warunków siedliskowych dla storczyka kukawki i zarazy błękitnej poprzez usunięcie drzew i krzewów wokół ich stanowisk.
Parzydło leśne w rezerwacie Sterdyń
Pełnik europejski w rezerwacie Biele
Reintrodukacja kuropatwy w Nadleśnictwie Łochów
Ochrona czynna pełnika europejskiego
Ochrona czynna storczyków poprzez usuwanie drzewek i krzewów wokół ich stanowisk