Ochrona gatunkowa ma na celu zapewnienie przetrwania i właściwego stanu ochrony dziko występujących roślin, zwierząt i grzybów oraz ich siedlisk, gatunków rzadko występujących, endemicznych, podatnych na zagrożenia i zagrożonych wyginięciem oraz objętych ochroną na podstawie umów międzynarodowych, a także zachowanie różnorodności gatunkowej i genetycznej.
Od 2002 roku na terenie Chojnowskiego Parku Krajobrazowego prowadzona jest „Akcja Żaba”, w ramach której dzieci i młodzież z lokalnych szkół pomagają płazom przetrwać wiosenne wędrówki do zbiorników wodnych. Płazy są odławiane do pojemników i przenoszone na drugą stronę ruchliwych dróg.
Po przeprowadzeniu inwentaryzacji zbiorników wodnych na terenie Chojnowskiego Parku Krajobrazowego wyznaczono w 2014 dziesięć lokalizacji, gdzie wzniesiono zimowiska dla płazów, które pomagają miejscowej populacji przetrwać zimę. W 2015 r. przy szczególnie bogato zasiedlonym przez kumaka nizinnego i traszkę grzebieniastą zbiorniku zbudowano kolejne zimowisko. Od 2016 r. pracownicy Chojnowskiego Parku Krajobrazowego prowadzą zajęcia terenowe ze studentami SGGW na temat czynnej ochrony płazów, które obejmują informacje na temat budowy i konserwacji zimowisk.
W 2006 r. na terenie Chojnowskiego Parku Krajobrazowego powieszono 100 letnich schronień dla nietoperzy. W 2013 r. zinwentaryzowano poprzednie schronienia oraz zawieszono 100 kolejnych. Letnie schronienia rozwieszone są na terenach leśnych borów sosnowych łącznie na czterech powierzchniach oraz kontrolowane co roku pod względem zasiedlenia.