Ochrona flory i fauny na terenie BPK jest prowadzona w sposób zarówno bierny jak i czynny. Bierna ochrona polega na stałym monitorowaniu parku, w szczególności rezerwatów przyrody, użytków ekologicznych, dzikich kąpielisk, reagowaniu na niekorzystne zjawiska jak: nielegalne pozyskiwanie żwiru lub drewna, zaśmiecanie terenu parku, kłusownictwo, szkodnictwo leśne, wjeżdżanie samochodami i qadami na teren parku, puszczanie luzem zwierząt domowych głównie psów itp.